Cơ quan tổng thư ký tại Bruxelles, điều hành các công việc chung. Hiện nay do người Hà Lan J.P.R.M. var Laarhoven đảm nhiệm từ 1 tháng 1 năm 2007
Ủy ban các bộ trưởng - cơ quan hành pháp - chủ yếu gồm các bộ trưởng ngoại giao, nhưng tùy trường hợp, cũng có các bộ trưởng khác tham gia
Hội đồng Liên minh, tập hợp các Ban Giám đốc của các Ban chủ yếu khác nhau của Liên minh
Hội đồng nghị sĩ tư vấn, gọi là Nghị viện Benelux, gồm có 21 nghị sĩ Hà Lan, 21 Bỉ và 7 Luxembourg. Nghị viện này có vai trò thảo luận và khuyến nghị, nhưng không có quyền lập pháp.
Tòa án Benelux, có chức năng tương tự như Tòa án cộng đồng châu Âu, gồm các thẩm phán của 3 tòa án tối cao 3 nước
